Benfica

Là một sản phẩm của hệ thống đào tạo thanh thiếu niên Benfica, Silva chơi cho đội trẻ của họ, và trong năm 2013 đã giành giải vô địch bóng đá trẻ Bồ Đào Nha 2012-13.[1] Anh đã có trận ra mắt cho Benfica B trong một trận đấu của Segunda Liga năm 2013 với Trofense.[2]

Vào ngày 19 tháng 10 năm 2013, Silva đã có trận ra mắt, thay người ở phút 80 cho Benfica ở tuổi 19, trong trận lượt đi vòng 1 vòng loại Taça de Portugal 2013-14 vòng loại 1-0 trước đội Clube Desportivo de Cinfães.[3]

Monaco

Ngày 7 tháng 8 năm 2014, Silva tới chơi cho AS Monaco theo hợp đồng cho mượn 1 năm.[4]

Vào ngày 20 tháng 1 năm 2015, Benfica thông báo đã chính thức bán Bernardo Silva cho Monaco với giá 15,75 triệu Euro[5], anh đã ký một hợp đồng cho Monaco và sẽ hết hạn vào ngày 30 tháng 6 năm 2019.[6]

Vào ngày 10 tháng 4 năm 2015, anh ghi hai bàn trong chiến thắng 3-0 trước Caen trong trận đấu với Ligue 1.[7]

Bernardo Silva đã hoàn thành mùa giải 2016-17 với 8 bàn thắng và 9 lần kiến tạo tại Ligue 1 và 11 bàn thắng 12 lần kiến tạo trong tổng số 58 trận đấu của mùa giải cho câu lạc bộ Monaco.

Manchester City

Vào ngày 26 tháng 5 năm 2017, Manchester City xác nhận việc ký hợp đồng với Silva trong hợp đồng năm năm sau khi vượt qua các cuộc kiểm tra y tế. Mặc dù khoản phí chuyển nhượng vẫn chưa được tiết lộ, nhưng nó đã được báo cáo là 50 triệu Euro (43,5 triệu bảng), cộng thêm một khoản tiền bổ sung tối đa 20 triệu Euro (17,5 triệu bảng) tùy thuộc vào phong độ.[8]

Silva chính thức gia nhập Manchester City ngày 1 tháng 7 năm 2017.[9]